A közös szócikkek megírása nem minden esetben lesz egyszerű. Mindjárt az első, a középkori államok kialakulását tárgyaló fejezetben adódhatnak ellentétek. A magyaroknak a honfoglalás a nemzetállam kezdetét jelenti: az ezeréves magyar állam, a nemzeti függetlenség és a szabadság gondolatköre sokak számára kikezdhetetlen dogma. Szlovákiában viszont a XIX. századtól kezdődően Nagymorávia létrejöttét tekintik a szlovák nemzeti történelem kezdetének, s a morva államban keresik a modern szlovák államiság gyökereit.
Eltérően értelmezik a két ország történészei a török hódoltságon kívüli Magyarország jelentőségét, a felső-magyarországi városok, megyék fontosságát, Erdély szerepét. Sok vitára adhatnak okot a felvilágosodás korának nyelvi kérdései is: a hivatalossá előléptetett magyar nyelv a szlovákok szerint ugyanúgy elnyomta a nemzetiségek nyelveit, mint korábban a német vagy a latin. Vitákat gerjeszthet a XIX. század majd' minden jeles magyar és szlovák történelmi személyiségének, így Ján Kollárnak, Kossuth Lajosnak, Ludovít Stúrnak, Tisza Kálmánnak a megítélése. Kossuth minden vita ellenére hazánkban a legnagyobb államférfiak egyikének számít, Szlovákiában viszont sokan a szlovák nemzet ellenségeként emlegetik.
Ahhoz, hogy az érdeklődők és a történelemtanárok dolga valóban könnyebb legyen, egyrészt szükség van a történészbizottság által tervezett további két kötetre (egy forrás- és szöveggyűjteményre, valamint egy kísérleti jellegű, feladatokból, forráselemzésekből összeállított "munkafüzetre"), másrészt a többi szomszédos országgal is készíteni kellene egy-egy hasonló oktatási csomagot. Hiszen az egykori Habsburg Monarchia többi nemzetiségével is közös a múltunk, velük is konszenzusra kellene jutni bizonyos történelmi tényeket illetően.