Talán sokan elcsodálkoznak ezen, mert Munkácsynak inkább munkácsi és békéscsabai éveiről hallottak, vagy tanultak az iskolában. Pedig a később híressé lett festő gyermekkorának meghatározó éveit Miskolcon töltötte. Ennek az volt az oka, hogy apját, Lieb Mihályt, aki Munkácson a sóhivatalban dolgozott, 1848-ban áthelyezték a borsodi fővárosba, ahová természetesen magával hozta családját is. A Lieb házaspárnak öt gyermeke volt, köztük a négyéves Mihály.
Miskolcon a család jó körülmények között élt. Az apa ugyanúgy, mint Munkácson, a városi sóhivatalban dolgozott, míg rendkívül jószívű édesanyjuk az öt gyereket nevelte a család otthonában. Az idilli állapot azonban nem tartott sokáig, mert a szabadságharc utolsó időszakában oroszok érkeztek a városba, és a szülők úgy látták jónak, ha gyermekeiket elviszik a városból a mama rokonaihoz Cserépfalura. Munkácsy később úgy emlékezik vissza az apró bükki településre, mint gyermekkora legboldogabb időszakára. Imádta a vár boltíves kapuját, a szamarat, amit hámba fogtak, hogy vizet húzzon a kútból. A kis falut körülvevő erdő fáit, amikor színüket változtatták. Ott ismerte meg a természet csodáit, és valószínű, hogy megfigyelései egész művészetére hatással voltak. Aztán, amint a harcok véget értek, a gyerekek visszaköltöztek Miskolcra.
Munkácsy Miskolcon kezdte meg iskoláit. Erre az időre később úgy emlékezett vissza, hogy nem volt valami jó gyerek. Testvéreivel gyakran keveredtek „utcai harcokba”, ahol hozzájuk hasonló korú fiúkkal vívtak háborút. Apjuk nem nézte jó szemmel ezeket a csínytevéseket, így a sokszor harci sebekkel hazaérkező gyerekekre szidás és fenyítés várt. Miskának, ahogy a többiek szólították, volt egy különös szenvedélye. Kavicsokat gyűjtött. Iskola után rohant a Szinva vagy a Pece-patakhoz, és különleges színű és formájú kavicsokat keresett, amikkel aztán teletömte zsebeit. Volt úgy, hogy egészen a város határában folyó Sajóig ment kövekért. Visszaemlékezéseiből tudjuk, hogy egyszer az apja megelégelte fia különös szenvedélyét, és az ebédelni asztalhoz ülő fiúra ráparancsolt, hogy fordítsa ki zsebeit. Nem volt mit tenni Miskának, az asztalra kellett raknia zsebének tartalmát. Látva a kavicsokat a szigorú apa megparancsolta neki, hogy büntetésül a kavicsokat egye meg. Szó nélkül nekilátott, és egy nagy kavicsot a szájához emelt, de hiába próbálta, nem fért be a szájába. Az apa az igyekezet láttán megenyhült, és elengedte a büntetést.
A szép gyermekéveknek anyja korai halála vetett véget, aki 1850-ben, gyomorrákban meghalt. Apjuk, hogy a gyerekek ne maradjanak anya nélkül, rövidesen újranősült. A családra azonban újabb csapás várt. Az apa, Lieb Mihály is meghalt, így a gyerekek a mostohaanyával maradtak, aki nem törődött velük, és elhanyagolta nevelésüket. Ezt látván az édesanya családja, a Reök család tagjai egymás között elosztották őket, így aztán a négy fiú élete négy különböző településen folytatódott. Miskát és egyetlen lánytestvérét békéscsabai rokonok vették magukhoz 1851 végén.
Munkácsy felnőttként is többször megfordult Miskolcon, mint arról a Mindszenti temetőben szüleinek állított gránit síremlék is tanúskodik. Gyakran kereste fel itt élő testvérét, Emilt és családját is. Igen jó barátságban állt Schabinszky László híres miskolci fotográfussal. Egyszer egy látogatása alkalmával azt kérte tőle, hogy együtt menjenek ki az akkor éppen zajló országos vásárba fotókat készíteni. Ki is mentek, és ott gömöri tótokról meg vásározó cigányokról húsz képet készítettek. A fotókat Munkácsy mint antropológiai anyagokat használta fel a Honfoglalás című monumentális képe megfestésekor. E látogatás alkalmával Schabinszky észrevétlen készített néhány fotót a művészről is. Ezek az üveglemezre készített negatívok a Herman Ottó Múzeum fotótárának féltve őrzött kincsei.
Utoljára 1891-ben járt Miskolcon, amikor három napot töltött a városban. A polgármestert, Soltész Nagy Kálmánt arra kérte, hogy ne részesítsék őt protokolláris tisztelgésben, mert ő ide hazajött. Így aztán a polgármester saját villájában látta vendégül a művészt, zárt körű szüreti estélyen. A műsorban felléptek táncosok, akik a szüret mikéntjét mutatták be, de még a városi dalárda is énekelt. Munkácsy olyan jókedvre derült, hogy füttykoncertet adott, és az újságban megjelent nyilatkozata szerint, „régóta nem találta magát oly jól, mint e helyen.”
1848-ban költözött a Lieb család Miskolcra. Munkácsy festői hajlama már kiskorában megnyilatkozott. Szülei korai halála után nagybátyjához, Reök István ügyvédhez került. A fiút 11 éves korában gyámja asztalosinasnak adta. Mestere durvaságai, a fenyítések okozta testi-lelki nyomorúság egész életére és kedélyére kihatott. 1863-ban készítette első festményét, a Levélolvasást. 1865 elején Bécsben felvették a Képzőművészeti Akadémia előkészítő osztályára. 1867-ben állami ösztöndíjjal Párizsba utazott a világkiállításra, ahol Courbet művészetéből egész életére kiható benyomásokat szerzett. 1869 telén kiállított Siralomház című festményét a párizsi Szalon aranyéremmel tüntette ki. Munkácsy ekkor (26 évesen) a világváros leghíresebb festője lett. 1878-ban a párizsi világkiállításon a Milton című festményével szerepelt, amellyel döntő sikert aratott: megnyerte a nagy aranyérmet. 1896-ban az elkészült Ecce Homot Budapesten mutatta be, és részt vett a milleniumi ünnepségeken. Egyre romló idegállapota miatt először Baden-Badenba, egy évvel később az endenichi szanatóriumba szállították. 1900. május 1-jén halt meg. Sírja a Kerepesi úti temetőben található.
